Parece que o cygwin não pode cancelar um modo de legibilidade de arquivos, por exemplo:
$ echo "123" > ttt
$ cat ttt
123
$ ls -ls ttt
1 -rw-r--r-- 1 Administrator None 4 Mar 22 10:19 ttt
$ chmod 000 ttt
$ ls -ls ttt
1 ---------- 1 Administrator None 4 Mar 22 10:19 ttt
$ cat ttt
123
$
Ou seja, mesmo quando o modo de ttt é alterado para 000, ainda é possível ler o arquivo.
Ambiente: