Não é exatamente uma correção incrível para o problema, mas no final eu divido o Computerlist.txt em várias listas com partes menores e divido os resultados do regquery.txt para corresponder ao nome das várias listas de computadores, então eu sabia onde eu estava com cada um.
Isso significa que, em vez de levar 2 horas por máquina com 6 corridas, obtenho 6 resultados em 2 horas, etc.