O Ubuntu Software não atualiza imediatamente após você atualizar o software do terminal ou usar o Atualizador de Software. Para testar isso, atualizei meu software do terminal usando sudo apt update && sudo apt upgrade
e copiei a lista de pacotes que foram atualizados. Então eu abri o Ubuntu Software e vi a mesma tela da sua primeira captura de tela, mostrando que as mesmas duas atualizações estavam disponíveis. Quando eu cliquei em Atualizações do sistema operacional, vi a mesma lista de pacotes que acabei de atualizar do terminal. Quando cliquei no botão Instalar, o Ubuntu Software não fez nada, mas as Atualizações do SO desapareceram do painel central.
Por causa do atraso confuso em mostrar as atualizações de software que já terminaram no Ubuntu Software, eu recomendo atualizar os pacotes usando o aplicativo Atualizador de Software ou o terminal em vez do Software Ubuntu.