Finalmente recebi uma resposta na lista de discussão do samba:
Isto acontece se o samba for executado no modo PDC e o usuário não estiver em / etc / passwd.
Eu vi que o usuário que eu estava tentando excluir não estava no passwd, então eu o adicionei, depois o removi novamente com smbpasswd -x
e também o removi de passwd
.
Problema resolvido.