Eu nunca experimentei esse problema com o GRUB, e tenho um laptop de inicialização dupla que alterno com frequência entre o Ubuntu (padrão em 10 s) e o Windows 8.1.
Nenhuma seleção será feita se algum pressionamento de tecla ocorrer, portanto, uma pressão de tecla perdida pode interromper a seleção automática sem inicializar em um sistema operacional.