Suponho que você tenha o instalador wubi.exe por causa de como isso é formulado. Usando o instalador wubi.exe, o Ubuntu será instalado como um aplicativo no Windows. Ele aparecerá como um sistema de inicialização dupla (até mesmo tem uma opção do Ubuntu em seu gerenciador de inicialização), mas não estará em sua própria partição ou qualquer outra coisa, ele simplesmente será armazenado no diretório do Windows em que você o instalou. O que você quer é uma instalação real em sua própria unidade.
Para instalar o Ubuntu em sua própria unidade, você precisará de um arquivo iso do Ubuntu. Aqueles são da página downloads do Ubuntu , escolha a versão 12.04 ou 13.10, não importa qual. Você precisará do pendrive Linux ou programa semelhante para criar uma chave usb inicializável ou CD fora do arquivo iso. Certifique-se de seguir os passos com muito cuidado ao selecionar a unidade, pois o pen drive Linux pode quebrar seu sistema. Depois de ter o USB inicializável ou CD, inicie o seu PC com ele conectado e arrancar o USB.
Como inicializar a partir do USB depende do seu sistema; alguns farão isso automaticamente, alguns exigirão que você entre manualmente no menu de inicialização e selecione-o. Uma vez dentro, você escolherá seu idioma e algumas outras configurações. Eventualmente, você chegará a um menu onde poderá escolher seu tipo de instalação. Você provavelmente vai querer escolher a opção "Algo mais", isso permitirá que você selecione a unidade externa vazia como o local de instalação. Este guia deve ajudá-lo se as imagens deixarem as coisas mais claras.
Depois que o Ubuntu for instalado, talvez seja necessário alterar algumas entradas do BIOS. Especificamente, se o Ubuntu não for uma opção inicializável após a instalação, você precisará garantir que suas configurações permitam a inicialização de HDDs externos.
NOTA: eu fiz algumas pesquisas e encontrei essa pergunta que soa muito parecida com a sua. A resposta da izx é muito detalhada e explica como instalar o Windows XP e o Ubuntu em duas unidades separadas e ainda fazer com que ambas apareçam no menu de inicialização. Se a resposta dele funcionar para você, não se esqueça de lhe dar o crédito e dar-lhe crédito.