Is there a way to intercept somehow calls to windows color picker dialog
Sim, existe:
Mas interceptar funções de diálogo comuns seria excepcionalmente difícil.
Does such software can exist [to intercept default Windows color picker dialog]?
Parece que isso não acontece. Eu procurei muito por algo parecido com o que você está pedindo (porque eu também adoraria banir o seletor de cores do Windows para sempre), mas até hoje não encontrei nada.