Uma possibilidade é que o Windows esteja executando a manutenção automática (coisas como desfragmentar ou otimizar o disco rígido).
Sugiro que, como primeiro passo, verifique as configurações de manutenção e defina a manutenção automática para iniciar na mesma hora todos os dias ou todas as semanas. Enquanto isso, pode haver uma configuração que diga para ser executada na primeira oportunidade disponível, se ela perder uma execução planejada. Nesse caso, altere essa configuração se puder ou apenas deixar que ela seja executada por quantas horas forem necessárias.
FWIW Eu tive o mesmo problema no Windows 8, mas acho que os passos são diferentes no W7 e no W8. Na verdade, eu desliguei completamente e, em seguida, executei a desfragmentação quando quis.
Veja como desativar a manutenção automática no Windows 8 -
1) Vá ao Painel de Controle / Ferramentas Administrativas / Agendador de Tarefas
2) No painel à esquerda, expanda esses itens sequencialmente - Biblioteca do Agendador de Tarefas > Microsoft > Windows
3) Em seguida, clique em TaskScheduler
4) Você verá uma lista de 4 tarefas. Você deseja desativar o primeiro (Manutenção Ociosa) e o último (Manutenção Regular). Para cada um clique com o botão direito e selecione Propriedades
5) Clique na guia Triggers e depois no gatilho
6) Clique em editar e habilitar untick e depois em OK e OK.
Note que o seu problema não tem nada a ver com ter um SSD. No entanto, você deve considerar a desativação da desfragmentação, pois isso reduzirá a vida útil do SSD.