Todo o conceito de metadados é que ele está diretamente conectado a um arquivo. Metadados são dados sobre dados , conforme explicado aqui na Wikipedia :
Metadata is "data about data". There are two (metadata types), structural metadata, about the design and specification of data structures or "data about the containers of data"; and descriptive metadata about individual instances of application data or the data content.
Portanto, copiar via rsync , cp ou praticamente qualquer coisa manterá todos os metadados do arquivo: o material específico da estrutura de dados, além de metadados descritivos, como itens "Artista" e "Título".
Dizem que alguns aplicativos que não estão no Linux - como o iTunes no Mac OS X - armazenam alguns dados MP3 no arquivo e outros em um arquivo externo chamado de "Biblioteca iTunes". Então copiando um arquivo no Mac OS X sem copiar a “Biblioteca do iTunes” pode resultar em perda de dados conectados especificamente ao iTunes.
Mas isso não é o mesmo que metadados conectados a arquivos. Em geral, os metadados permanecem conectados ao arquivo ao qual estão associados, a menos que algo explique nos metadados para apagá-lo.