Eu tive que mudar de um MacBook Pro para um Macbook Air, então fiz o backup do meu Pro usando uma máquina do tempo em um disco rígido externo. O backup foi executado sem problemas e nenhum erro foi exibido. Quando fui ver os arquivos no diretório "suporte a aplicativos" (no disco rígido externo usando o novo laptop Air), algumas pastas "Steam" e "Minecraft" estavam faltando. É possível que eles não fizeram backup? Eles poderiam estar escondidos no disco rígido? Eu sei que o disco rígido não estava cheio. Além disso, não tenho acesso ao Macbook Pro.
Você (ou outra pessoa) pode ter configurado regras de exceção para essas pastas para que elas não sejam incluídas no backup do Time Machine? (Possivelmente porque eles são muito grandes)
Você pode ativar o Finder para mostrar pastas ocultas (apenas o Google Finder exibe pastas ocultas) ou visualizar a pasta do Terminal (ls -a).
Além disso, você pode querer verificar os diferentes "instantâneos" do backup do Time Machine, caso tenha sido feito backup antes.