Se você estiver usando vários monitores e tiver o seu lançador exibindo apenas em um. Tente mostrar seu lançador em todos os monitores.
Isso resolveu o problema para mim.
Eu tenho o problema de que, às vezes, o meu Launcher Icons fica com o botão esquerdo do mouse sem resposta. Clique com o botão direito para abrir o menu de contexto.
Iniciar aplicativos através do HUD funciona bem, mas o Launcher Icons parece congelar. Mesmo quando um aplicativo está em execução, não consigo colocá-lo na frente clicando no inicializador.
Para informações: uma personalização que fiz foi substituir o Nautilus pelo Nemo como o explorador de arquivos padrão.
Se você estiver usando vários monitores e tiver o seu lançador exibindo apenas em um. Tente mostrar seu lançador em todos os monitores.
Isso resolveu o problema para mim.
Eu acabei de ter isso hoje (Ubuntu 64 16.04 LTS) Eu poderia alternar entre janelas ativas e usá-las bem; no entanto, a barra lateral e a barra de tarefas (com controle de volume) ignoraram todos os cliques; Não encontrei nada que pudesse estar bloqueando isso.
Eu não queria reiniciar, pois tinha muitas coisas abertas; mas quando eu tranquei a tela (para a hora do almoço) e depois entrei depois, estava funcionando de novo, então isso pode ser uma solução para outra pessoa.