Uma solução que lida com hosts locais e remotos (por meio de ssh) seria rsync :
rsync -av -n -c src/ dst/
O -n sinalizador diz ao rsync para não fazer nenhuma transferência - então a saída seria apenas os arquivos que ele deseja que transfiram, ou os arquivos alterados. O -c garante que o rsync faça uma comparação MD5. Se você quiser apenas fazer uma correspondência com o tamanho e a hora da última modificação, basta omitir -c .
Outro método seria verificar os dois diretórios em git repositories. Isso requer uma familiaridade significativa com git , mas poderia ser conseguido mantendo os arquivos de cada host em uma ramificação separada. Em seguida, pode-se usar git fetch (que omite a mesclagem implícita de git pull ) e usar git diff entre filiais para inspecionar as alterações. Esta questão pode ser útil em tal configuração.