Tenho certeza de que não há como fazer com que o Inkscape faça o que você quer (mas, dada a natureza dessa declaração, não posso fazer isso de qualquer maneira).
As seguintes coisas podem ajudar você:
- A menos que sua imagem raster precise ser posicionada com muita precisão, você pode posicionar sua imagem raster cortada manualmente facilmente deixando a imagem antiga e posicionando a nova em cima dela e, em seguida, excluindo a antiga.
- Você pode reduzir o tamanho do arquivo da sua imagem raster sem cortá-la, tornando as áreas invisíveis em uma só cor e usando um formato (como PNG) que seja bom para compactar essas áreas. (Não tenho certeza de quão bem o Inkscape está relacionado aos formatos de bitmap, mas vale a pena tentar.)
- Você pode executar o PDF final por meio do Ghostscript ou de outra ferramenta PDF apropriada, capaz de detectar imagens duplicadas e reduzir o tamanho do arquivo usando esse conhecimento.