Você deve definir as variáveis "Incoming Archive Folders". Por exemplo, colocando o seguinte
{your_first_email.com}inbox {your_third_email.com}your_archive {your_second_email.com}inbox {your_third_email.com}your_archive
as caixas de entrada do primeiro e do segundo e-mail arquivados na pasta "your_archive" ou em qualquer outra pasta que você goste. Você deve colocar corretamente os caminhos de suas pastas, dependendo da sua conta de e-mail.
Por favor, leia também a ajuda Alpine de "Incoming Archive Folders".