A maneira mais fácil é apenas desconectar o disco rígido principal antes da instalação. Não poderá alterar seus arquivos ou ordem de inicialização. Se você inicializar e usar o menu de inicialização para selecionar a unidade USB, funcionará como esperado.
Como alternativa, você pode procurar usar uma máquina virtual e instalar o sistema operacional nela. Isso não é o mesmo, mas dependendo do que você quer fazer, pode ser o suficiente.