Eu acredito que cuetools lidaria com a transcodificação. Eu sei que ele vai copiar os metadados - eu usei para transcodificar um arquivo misteriosamente quebrado que funcionaria em alguns decodificadores e não em outros, e tem um excelente sistema de validação (accuraterip ou CTDB) que verifica discos em um banco de dados de hashes para trilhas e discos.
A única etapa "manual" seria excluir os arquivos de origem quando você terminar.
A interface do usuário demora um pouco para se acostumar, e é um pouco esotérica, mas deve fazer o que você precisa.