my VBR was pointing to a bootmgr in a different disk?
Não. Uma entrada no seu BCD estava apontando para um diretório \ Windows em um disco diferente.
A tabela de partições no MBR (bloco 0 do disco, que não faz parte de nenhuma partição) indica onde estão as partições primárias e qual delas está "ativa". O código do MBR carrega o primeiro bloco do VBR dessa partição e transfere o controle para esse código.
O primeiro bloco do código VBR lê o resto do VBR (para NTFS são 8 blocos). O VBR não "aponta" para qualquer partição que não seja ela mesma ... pelo menos, não com qualquer VBR de que já tenha ouvido falar. Mas VBRs variam por sistema operacional e por tipo de sistema de arquivos, então, teoricamente, isso pode acontecer.
Convencionalmente, no entanto, o código do VBR encontra o carregador de inicialização do sistema operacional (bootmgr para Windows Vista e posterior, ntldr para versões anteriores do Windows) na mesma partição da VBR, carrega seus primeiros blocos e transfere o controle para esse código. O bootmgr carrega o restante de si mesmo e lê seu BCD. É a entrada do BCD que indica qual disco e partição a partir do qual carregar o sistema operacional.
Observe que o código VBR precisa ter pouco conhecimento do sistema de arquivos em sua própria partição. No Windows, ele só precisa localizar arquivos pelo nome no diretório raiz e lê-los. O código de ntldr ou bootmgr deve ser capaz de fazer o mesmo para o volume de inicialização, mas precisa entender os subdiretórios.