Eu tive esse mesmo problema. Para o cabeçalho ao qual você está tentando aplicar o sombreamento, clique na guia Cabeçalho e Rodapé na barra de menus Faixa de Opções e desmarque "Vincular ao Anterior" na coluna Opções.
Aqui temos duas tabelas, uma no cabeçalho e outra fora do cabeçalho. (conteúdo da página)
Como você pode ver, posso simplesmente alterar a cor do plano de fundo de cada célula na tabela inferior (via Borders & Shading > Propriedades de sombreamento), mas se eu tentar fazer o mesmo para outra tabela no cabeçalho, você pode ver, eu só recebo um fundo branco.
Eu não sei porque isso está acontecendo, estava funcionando algumas horas atrás, mas agora, eu tenho estoque com isso.
Estou usando o Microsoft Word 2011 no Mac OS X 10.9.5.
Eu tive esse mesmo problema. Para o cabeçalho ao qual você está tentando aplicar o sombreamento, clique na guia Cabeçalho e Rodapé na barra de menus Faixa de Opções e desmarque "Vincular ao Anterior" na coluna Opções.