O problema é que o parâmetro Exec
no arquivo da área de trabalho não tem o valor correto para isso. Você precisa
Exec=pdfshuffler %f
%f
significa um único arquivo como parâmetro
ou
Exec=pdfshuffler %F
%F
significa todos os arquivos selecionados como parâmetro
em vez de
Exec=pdfshuffler
Portanto
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Copie o arquivo da área de trabalho na sua pasta pessoal
cp /usr/share/applications/pdfshuffler.desktop ~/.local/share/applications
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Corrija a propriedade
sudo chown $USER:$USER ~/.local/share/applications/pdfshuffler.desktop
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Abra o arquivo em um editor
nano ~/.local/share/applications/pdfshuffler.desktop
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Corrija o parâmetro
Exec
Exec=pdfshuffler %f
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Feche todos os processos do nautilus
nautilus -q
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Abra o menu de contexto do documento pdf e selecione Abrir com outro aplicativo
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Selecione Visualizar todos os aplicativos
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Pesquise e selecione PDF-Shuffler