O problema é que o parâmetro Exec no arquivo da área de trabalho não tem o valor correto para isso. Você precisa
Exec=pdfshuffler %f
%f significa um único arquivo como parâmetro
ou
Exec=pdfshuffler %F
%F significa todos os arquivos selecionados como parâmetro
em vez de
Exec=pdfshuffler
Portanto
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Copie o arquivo da área de trabalho na sua pasta pessoal
cp /usr/share/applications/pdfshuffler.desktop ~/.local/share/applications -
Corrija a propriedade
sudo chown $USER:$USER ~/.local/share/applications/pdfshuffler.desktop -
Abra o arquivo em um editor
nano ~/.local/share/applications/pdfshuffler.desktop -
Corrija o parâmetro
ExecExec=pdfshuffler %f -
Feche todos os processos do nautilus
nautilus -q -
Abra o menu de contexto do documento pdf e selecione Abrir com outro aplicativo
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Selecione Visualizar todos os aplicativos
-
Pesquise e selecione PDF-Shuffler