Você provavelmente tem uma versão diferente do autoconf / automake que a que eles usaram. Dê uma olhada na árvore original src para ver se você consegue encontrá-la. Por exemplo:
$ head aclocal.m4
# generated automatically by aclocal 1.11.6 -*- Autoconf -*-
Em seguida, instale a versão correta se ela não corresponder ao seu automake --version :
$ sudo apt-get install automake1.11
O mesmo que para o autoconf:
$ head configure
#! /bin/sh
# Guess values for system-dependent variables and create Makefiles.
# Generated by GNU Autoconf 2.68 for parallel 20121122.