Instale o gconf-editor:
sudo apt-get install gconf-editor
então você pode encontrar as configurações aqui:
Defina use_custom_default_siz
para false
.
Acima, nesta janela, você também encontrará os dois valores de tamanho, se desejar alterar apenas isto:
Você também pode alterar as configurações da linha de comando ou criar um arquivo de script com:
gconftool --type Boolean --set /apps/gnome-terminal/profiles/Default/use_custom_default_size false
e executá-lo, você não precisa da janela do terminal para executar um arquivo de script.
Mais informações sobre o Gconf: Como uso o editor gconf?