Talvez seja um bug. Talvez seja porque o CCSM (Gerenciador de configurações do CompizConfig) usa a Opacidade, então, quando você desativa a Transparência, ela define a Opacidade igual a 0; assim é transparente. Então, se você quiser torná-lo totalmente transparente, você deve mover a posição do controle deslizante uma vez e depois colocá-lo na transparência 100% e também escolher preto para cor personalizada, caso contrário, não será totalmente transparente. Veja algumas capturas de tela:
Transparência 100% com uma cor baseada em papel de parede: não é transparente!
Transparência 100% com branco: não é transparente, mas sim brilhante!
Transparência 100% com preto: é realmente transparente, mas o ícone COF tem um fundo preto.
Transparência desativada com preto: o mesmo resultado da transparência 100%. Desligar a transparência significa 100% de transparência (Opacidade OFF)!
Notas:
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Se você tornar o Iniciador transparente, talvez também queira alterar Fundos de ícone para Todos os aplicativos .
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O valor padrão (posição correta) da transparência do Launcher está na linha do meio do intervalo (40%).