A execução da remoção fará com que as condições de início e parada sejam removidas também?
Ele removerá qualquer instância do seu script do sistema, ou seja, qualquer link em /etc/rc*runlevel*.d para o script mongodb em seu /etc/init.d .
Há alguma implicação que eu deva saber?
Se algum outro script depender de mongodb para iniciar / parar, ele falhará.
Verifique a página de manual para uma descrição completa.