O arquivo libusb.h está no pacote libusb-1.0-0-dev :
libusb-1.0-0-dev: /usr/include/libusb-1.0/libusb.h
enquanto usb.h é fornecido por libusb-dev :
libusb-dev: /usr/include/usb.h
Sem mais detalhes sobre seu aplicativo, é difícil saber o que é necessário.