Parece ser um problema conhecido em várias versões do Windows.
Eu nunca encontrei esse problema antes, mas seguindo o que está escrito aqui: link e seguindo o comentário da VbNetMatrix aqui : link Eu consegui contornar isso.
Variáveis foram criadas como REG_SZ em vez de REG_EXPAND_SZ. Depois de alterar os tipos em regedit e disparado para atualizar a expansão da variável PATH clicando em "Modificar" para a variável PATH na caixa de diálogo de configuração da variável de ambiente (Sistema > Avançado > Env. Vars, não sei os nomes exatos, meu sistema operacional está definido para o idioma espanhol) o cmd foi capaz de acessar os comandos que estavam nos caminhos referenciados nas variáveis que defini anteriormente.