Você está correto. default.ini é lido primeiro, então local.ini substituirá qualquer coisa do default.ini. Eu sugiro que você investigue o problema de ter duas instâncias de couchdb em execução ao mesmo tempo.
No entanto, o local.ini tem comentários úteis e outras informações, então sugiro que você mantenha uma cópia dele por aí. Não é apenas uma duplicata do default.ini.