Obrigado, Bryan, você resolveu! Estou um pouco envergonhada por não ter pensado nisso antes de postar aqui.
O culpado foi o gnote, que eu nem uso, mas que o Gnome decidiu que eu precisava mesmo assim. Ainda não sei o que os círculos acabariam fazendo, mas ao impedir que o gnot iniciasse o login, consegui fazê-los desaparecer.