Você precisa fazer um mapeamento de chave seletiva para alcançar o que deseja:
- ctrl agindo como cmd no ambiente do MacOS X,
- ctrl agindo como ctrl no ambiente do VirtualBox.
Mosquetão é o software que o ajudará a fazer o que quiser neste campo.
Dê uma olhada nessa resposta muito boa que trata exatamente do seu caso: VirtualBox Mac - É possível mapear uma chave para uma VM