Uma maneira de fazer isso (usando apenas SVN) é criar um terceiro projeto em root, chamá-lo de "build". Poderia ter um tronco, tags, galhos como normal, se quiser. Dentro do projeto "build" você poderia manter seu makefile ou qualquer outra coisa, mas a maioria "build" teria apenas uma regra svn: externals para incluir todos os componentes necessários (e na revisão apropriada). Em seguida, você pode criar qualquer estrutura de diretórios que desejar, deixando os locais de repositório normais.
Uma grande desvantagem desse método é que é mais difícil criar mudanças antes de você as confirmar. Mas você ainda pode fazer isso trabalhando suas mudanças fora da cópia de trabalho "build" com uma modificação temporária para o svn: externals se necessário para puxar o HEAD ao invés de uma revisão específica.