Eu tenho me deparado com esse problema uma e outra vez. Eu tenho um repositório git configurado no meu servidor remoto e todos os arquivos são configurados para 644 e as pastas são definidas para 755. No entanto, toda vez que eu extraí do repositório git (eu estou usando bitbucket), notei a permissão do arquivo que eu modifiquei foi alterado para 664 que resulta em um erro interno do servidor. Por exemplo, eu mudei o index.php, e ocorre 500 quando eu tentei ter acesso a ele
eu tenho que usar
find . -type d -print0 | xargs -0 chmod 0755
e find . -type f -print0 | xargs -0 chmod 0644
para alterar manualmente a permissão de meus arquivos para o normal
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