O que você está procurando é um componente em Spybot 1.6 chamado TeaTimer .
Do site do Spybot:
TeaTimer detects when something wants to change some critical registry keys. TeaTimer can protect you against such changes again giving you an option: You can either Allow or Deny the change. The TeaTimer is always running in the background.
No entanto, esse recurso foi substituído pelo Live Protection na versão mais recente do scanner de malware, que eu não usei e, portanto, não estou certo de que monitore as alterações no registro. Isto é o que o FAQ do Spybot diz sobre o Live Protection :
With each paid Spybot 2 Edition there is the new Live Protection available. This Live Protection monitors every process created or running on your system and scans each process. Malicious processes are blocked even before they start. If you have another antivirus engine running you can choose to disable Live Protection. Live Protection allows the user to choose to run or suppress any starting process.