Especificamente em relação às partições / e /boot . O que determina que uma partição Linux seja inicializável (exigindo um sinalizador inicializável)?
Como o Linux usa o GRUB, ele não se importa com a partição marcada como inicializável. Você pode até mesmo inicializar o Linux a partir de uma partição estendida.
Quando o GRUB é carregado, ele usa um arquivo de dados para determinar onde todos os sistemas operacionais inicializáveis são encontrados.
O sinalizador de boot é usado pelo Microsoft MBR para decidir de qual partição inicializar ("chain-load" na terminologia do GRUB). Quando você instala uma distribuição Linux, esse MBR da Microsoft é substituído pelo código MBR do GRUB, que não se importa com os flags de inicialização das partições porque ele tem seu próprio modo mais sofisticado de decidir como proceder.
O sinalizador inicializável realmente "deve" ser definido em partições que devem ser carregadas em cadeia (ou seja, o setor de inicialização da partição possui seu próprio código de inicialização). Isso é verdade para as partições do Windows, mas não para as partições do Linux. Mas se você estiver usando o GRUB (ou alguma outra coisa como o LILO), não fará muita diferença quais partições têm o sinalizador.