Uma resposta geral:
Um SSD provavelmente será mais rápido do que o HDD independente de como você o conecta / acessa - supondo que a conexão em si seja mais rápida ou tão rápida quanto o SSD.
Portanto, uma conexão USB3 de 5 Gbps deve permitir reter grande parte da velocidade de um SSD de 6 Gbps, mas talvez não permita que ele seja executado na velocidade máxima / possível.
Mas conte em TODOS os itens na conexão; provavelmente você está usando algum tipo de conversão SATA-2-USB, o cabeamento, o circuito de interface, o software do driver, talvez algumas configurações do BIOS.