É possível usar o dconf, a chave é org.gnome.Epiphany user-agent
O padrão é vazio, então provavelmente é por isso que você não vê nenhuma string UA definida.
Você também pode tentar gsettings set org.gnome.Epiphany user-agent "Mozilla/5.0 (Windows NT 6.3; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/37.0.2049.0 Safari/537.36"
pela linha de comando, deve fazer o truque.