O truque é usar o armazenamento global para seus dados em vez de cookies. Isso fará com que as configurações sejam salvas no arquivo config.xml . Se você fizer isso, certifique-se de não fazer isso crescer demais, porque é analisado cada carregamento do navegador (não apenas quando você visita um domínio específico).
Veja este post para mais informações sobre como fazer isso.