Teste sudo top
em um terminal. Em seguida, tecle > ou < até que a coluna Mem
esteja destacada. Os processos são classificados por uso de memória. Além disso, pressione c para mostrar os argumentos completos da linha de comando dos processos.
Você não verá os aplicativos do root no gnome-system-monitor. O mais provável é que os outros 3Gigs sejam usados pelo root para lightdm ou outro processo - coisas de fundo que tem para rodar em seu sistema para que ele funcione.