Eu tive um problema semelhante hoje e tive a ver com nenhum binário perl (válido) no ambiente PATH para o usuário chamando ppm. Tente configurá-lo para o usuário que tem o problema.
(resposta tardia, talvez ajude alguém no futuro)
Acabei de fazer uma nova instalação do ActiveState Perl 5.16.3 em um sistema Windows Server 2008 R2, e tudo pareceu dar certo até que fui analisar os módulos instalados com o Perl Package Manager (PPM).
Quando executado como eu, nenhum pacote apareceu quando "View Installed Modules" está habilitado. No entanto, quando clico com o botão direito do mouse e escolho "Executar como administrador", é exibida uma lista de 276 módulos instalados.
O que está causando a diferença no que o PPM mostra a um usuário? A pasta C: \ Perl tem acesso de leitura para o grupo Usuários. Existe um arquivo de banco de dados PPM que tenha permissões especiais de acesso?
Eu tive um problema semelhante hoje e tive a ver com nenhum binário perl (válido) no ambiente PATH para o usuário chamando ppm. Tente configurá-lo para o usuário que tem o problema.
(resposta tardia, talvez ajude alguém no futuro)