Eu tentaria o reparo de inicialização do GRUB primeiro. Ele irá reescrever o MBR e o bootloader após a verificação do disco rígido para partições inicializáveis.
A próxima coisa seria fazer um reparo do Windows. Insira o CD do Windows e inicialize a partir dele. Quando o menu aparecer, selecione Reparar o Windows. Se o reparo for bem-sucedido, você provavelmente só conseguirá inicializar no Windows. Você precisará do reparo de inicialização do GRUB, conforme mencionado acima.