Os aplicativos e / ou o sistema não devem colocar nada nesse diretório para armazenamento a longo prazo. Você não deve ter problemas para excluí-los.
Quanto ao registro, você pode excluir a configuração do registro que o ativa. Vá para
Local Computer>Software>Policies>Microsoft>Windows>Installer
Se houver uma chave de "Logging", exclua-a (talvez anote o valor primeiro).
Agora, se você estiver em um domínio, os administradores podem forçar essa configuração, para que muitos não consigam fazer isso. Além disso, vários aplicativos continuarão a despejar dados nesse diretório (Office 365, com certeza).