Trabalhando git a partir da linha de comando

Question

Então eu uso o Github for Windows (aquele aplicativo GUI sofisticado) para gerenciar meus vários projetos baseados em git, mas notei que na minha máquina não posso usar o comando line git para fazer qualquer coisa com meus projetos. A partir da linha de comando do windows eu não consigo puxar ou empurrar nada (eu recebo 'permissão negada: publickey' erros), nem posso ssh no github do git bash, mas do aplicativo tudo funciona muito bem.

Eu verifiquei minha conta no github e assegurei que as chaves ssh (ambas chamadas github_rsa, uma tem .pub nela) da minha pasta .ssh estão lá, e fiquei com a impressão de que tanto a linha de comando quanto a GUI git usavam o mesmo conjunto de chaves? Qual poderia ser o problema aqui?