Você definitivamente precisa executar o arquivo em lote como administrador. Eu acho que o seu problema é que você usa% ~ 1, que é uma referência ao primeiro parâmetro, não é? Quando você clica com o botão direito do mouse no arquivo para ser executado como administrador, provavelmente não está atribuindo parâmetros adicionais.
Eu não sei qual é o seu objetivo final. Se você puder adicionar, posso ajudá-lo a obter uma solução que funcione. Tenho a sensação de que você está resolvendo um problema com uma solução muito mais difícil e que também há uma solução fácil.