Supondo que você não esteja fazendo alterações no código zxing, o que você pode fazer é adicionar zxing como uma dependência .
Parece que o Android gosta de gradle nessa tarefa. Consulte este documento para obter mais informações sobre o gerenciamento de dependenices com gradle:
When some of your dependencies are available in a remote repository, you do not have to download them and copy them into your project. The Android Studio build system supports remote Maven dependencies. Maven is a popular software project management tool that helps organize project dependencies using repositories.
Many popular software libraries and tools are available in public Maven repositories. For these dependencies you only have to specify their Maven coordinates, which uniquely identify each element in a remote repository.
Eles recomendam a inclusão do repositório central do maven . Nesse site você encontrará com.google.zxing: android-integration que você pode adicionar ao gradle com:
compile 'com.google.zxing:android-integration:3.1.0'
Isso permitirá que você importe o código durante a sua construção, em vez de se preocupar em manter o código zxing em seu repositório.
Se você realmente quiser incorporar o código zx no seu git repo, você deve procurar nos submódulos . Existe um tutorial aqui para mais informações.