Quando você RDP em um computador você não está realmente olhando para a mesma área de trabalho / exibe como quando você está sentado no console. Um novo monitor virtual (monitor) é criado para uso do RDP, com base na configuração do cliente.
Se você tiver uma sessão existente que esteja assumindo, ela ajustará a área de trabalho dessa sessão para que corresponda à nova configuração de exibição. Como a nova configuração de exibição não corresponde à antiga, o Windows normalmente redefine os ícones e os locais das janelas para usar como padrão o monitor principal. Semelhante acontece quando desconectar e conectar outros monitores (como, digamos, em um notebook).
Se você quiser ver sua área de trabalho como está quando está sentada na frente dela, use um pacote de controle remoto diferente (como o VNC) que use um sistema de captura de tela e dimensionamento da área de trabalho real do console.
Como alternativa, se os seus monitores / resoluções forem semelhantes e você quiser ficar com o RDP, talvez seja necessário verificar se há um utilitário da área de trabalho que se lembre e possa restaurar locais de janelas e ícones no comando.
Alguns fabricantes de adaptadores de vídeo (costumavam) incluir isso em seus utilitários, e há utilitários autônomos para fazer isso (após um rápido google - nunca tentei este pessoalmente).