Então você pode querer incluir sua linha de comando, mas posso dar algumas dicas.
Usando -ss
depois que o -i
precisar decodificar esse valor antes que chegue ao local de onde deseja iniciar o processamento. Se houver um atraso, esta é a causa provável.
Você poderia fazer algo ao longo destas linhas:
-ss 00:59:00.000 -i input -ss 00:01:00.000
Isso significa que cerca de 59 minutos depois começa a decodificar um minuto antes do processamento.
Se você quiser manter as compensações de tempo iniciais, eu experimentaria.
-itsoffset -copytb -copyts
Eu não sei ao certo qual vai fazer o truque para você, pois a linha de comando original não é dada, mas espero que isso o aproxime mais do seu objetivo.
Existem vários artigos que falam sobre esse tópico, mas aqui está um que às vezes usarei como referência.