Parece ser que "(" é reconhecido como parte do formato numérico, mas ")" não. Não tenho idéia de como resolver esse problema com referência cruzada ao número da equação. Minha sugestão é uma solução alternativa.
O que estou fazendo para evitar esse problema é definir um marcador para "1.1" (não em "(1.1)") e fazer referência cruzada ao marcador.
Eu obtive esta solução a partir daqui: link