Eu sugeriria um banco de dados e, para o processo de seleção, sugeriria SQL.
20 tabelas * 50.000 linhas são muito grandes para planilhas, mas não são nada para um banco de dados.
Você pode usar uma versão Express do MS SQL para isso, que é licenciada gratuitamente para uso pessoal e comercial e possui excelentes funções de colaboração com o Excel.
Você poderia conectar suas planilhas como tabelas externas, você pode não conseguir gravar nas planilhas do SQL, mas suas pesquisas serão muito mais rápidas do que agora.