Tente controlar a resolução por meio da opção densidade . Se o documento digitalizado original tiver uma densidade de 300 dpi, você poderá usar:
convert -set units PixelsPerInch *.png -density 300 -flip -page 2647x3745+50+50 doc.pdf
convert -set units PixelsPerInch -density 300 doc.pdf -flip -density 300 doc2.pdf
a desvantagem é que aumentará o tamanho.
Você pode obter uma saída equivalente mesmo com essas 2 linhas
convert *.png -flip -page 2647x3745+50+50 doc.b.pdf
convert -set units PixelsPerInch -density 300 doc.b.pdf -flip doc2.b.pdf