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Tente encontrar o caminho de instalação do painel de controle do java. Do terminal
$locate jcontrol
/usr/bin/jcontrol
/usr/java/jre1.7.0_25/bin/jcontrol
/usr/java/jre1.7.0_25/lib/desktop/icons/HighContrast/16x16/apps/sun-jcontrol.png
....
/usr/java/jre1.7.0_51/bin/jcontrol
....
Neste caso, /usr/java/jre1.7.0_51/bin/jcontrol é o que você deseja. Então, inicie-o no terminal /usr/java/jre1.7.0_51/bin/jcontrol Então você poderá alterar a configuração de segurança.