Você pode fazer isso com um hack, se for suficiente. Como .pdf
é bastante exclusivo, podemos procurar, remover e adicionar no final.
FileName = "X:\Folder\" & Atmt.FileName & Filenameincrementer 'remains the same
FileName = Replace(FileName, ".pdf", "") & ".pdf" ' I'm a new line of code. Hurray
Atmt.SaveAsFile FileName 'remains the same
Eu não posso testar isso, mas deve funcionar bem ...