Pelo que entendi, a lista de interpretadores do Pycharm é apenas uma lista de intérpretes de python disponíveis. Ele também lista aqueles que foram criados como ambientes virtuais, como você observou.
Você pode remover com segurança os itens da lista sem afetar as instalações reais do Python. Isso é feito clicando na engrenagem à direita da lista e selecionando a opção Mais ...
Na janela pop-up, você pode excluir qualquer um dos intérpretes listados que quiser.
Se você quiser remover as versões homebrew do python, você pode usar os seguintes comandos no terminal:
Python 2.x
brew remove python
Python 3.x
brew remove python3